Насколько я знаю слово греки значит каркающие. Правда не знаю на каком языке. Наверное их язык кому-то показался похож на карканье.
А вообще у многих народов есть самоназвание, а другие называют их по другому. Далеко за примером ходит не нужно, вспомните слова вроде: хохол, кацап, и т.д., хотя сравнение может и не очень удачное.